Rond 1101, toen Robrecht II van Jeruzalem – bijnaam die hij kreeg omwille van zijn deelname aan de eerste kruistocht – Graaf van Vlaanderen was, werd de vrouwenabdij Sainte-Marie van Nonnebossche gesticht in de zuidwestelijke hoek van Zonnebeke, het Rumetrabos, begrensd door de Oude Kortrijkstraat en de Waterstraat.
Over het ontstaan van het klooster weten we niets met absolute zekerheid. De meest geopperde hypothese is dat Theobald, zoon van Fulpoldus, kastelein van Ieper en stichter van het Augustijnenklooster te Zonnebeke, het vrouwenklooster heeft gesticht. Het Rumetrabos hoorde hem toe en in de eerste bestaansjaren trad Theobald op als de grote weldoener van het Nonnebossenklooster. Had hij misschien een dochter die het kloosterkleed had aangetrokken? In 1113 werd het kerkje van het klooster plechtig ingewijd door Joannes van Waasten, bisschop van Terwanen, waartoe Zonnebeke behoorde.
Het Nonnebossenklooster, vanaf 1198 tot abdij verheven, was gekend als arm. Dit had veel meer te maken met het feit dat de zusters er een verborgen en stil leven in de geest van armoede leidden (volgens de regel van de H. Benedictus) dan dat de abdij werkelijk arm was. Immers, de snelle geestelijke en wereldlijke groei, dankzij de vele schenkingen van landerijen (weliswaar meestal slechte gronden) richting Zillebeke en Geluveld, maakte dat de abdis ook de grafelijke titel mocht dragen. In 1272 bezat de abdij op het grondgebied Zonnebeke alleen al 170 gemeten (+/- 75 ha) grond.
In de eenzaamheid van het woud, ver weg van bewoning en het wereldse lawaai, werd eeuwenlang in stilte God gediend. Door de Beeldenstorm van 1566 en 1579 is quasi niets bewaard gebleven van de Nonnebossenabdij. Op 15 augustus 1566 vielen de Calvinisten de abdij binnen en vernielden het volledige interieur. De zusters waren op het nippertje kunnen vluchten naar hun refuge binnen de stadsmuren van Ieper. Niets konden ze redden. Na enkele jaren keerden ze terug naar Zonnebeke maar op 22 december 1579 werd de abdij volledig in de as gelegd door de Calvinisten. Ze bleven nu voor altijd in Ieper. Het was het einde van de Nonnebossenabdij te Zonnebeke. Alleen de kloosterhoeve (het Nonnebossenpachtgoed) bleef bestaan. Te Ieper werd het religieuze abdijleven verder gezet in de refuge bij de Sint-Jacobskerk tot 11 februari 1797. Door de Franse bezetter werd de aangeslagen abdij toen publiek verkocht.
Tot voor kort was enkel een schilderijtje bekend als overblijfsel uit de Nonnebossenabdij. Ter gelegenheid van de aanstelling van de laatste abdis te Zonnebeke, Louisa de l’Espinoy, in 1559 werd door Karel van Ypre een zeer mooi en kunstig schilderij gemaakt. Het is een ruitvormig doek, voorstellend een beeldschrift (rebus), waartussen twee hofjonkvrouwen afgebeeld staan. De wapens van het huis de l’ Espinoy, met onderaan het jaartal 1559, zijn eveneens zichtbaar. In de omtrek van het wapenschild kan men lezen: “Ghelyc die lelie tusschen die doornen groeyt, zoo onder de dochters myne vercoren bloeyt”. Het schilderij hangt vandaag in het kasteel en museum Mergelinck te Beauvoorde (Wulvergem). Daarnaast waren slechts enkele gevonden of opgegraven archeologische artefacten getuige van het bestaan van de vroegere abdij. Uit de abdij is geen enkel handgeschreven document, hoe bescheiden ook, overgebleven na de brandstichting en men kent geen enkele ‘schrijfster’ uit het klooster, aldus kerkhistoricus N. Huyghebaert in Monasticon Belge, Tome III, Luik, 1960. Zo is de (weliswaar weinig ‘spectaculaire’) geschiedenis van de abdij grotendeels in de nevelen van de tijd vervlogen.
Maar… tijdens het opmaken van een inventaris van het handschriftenbezit van de abdij van Dendermonde werd recent toch een handschrift ontdekt van de Nonnebossenabdij. Onder het nummer 111. HS. 167. E is een 16e eeuws gebedenboekje bewaard met Nederlandse, Franse en Latijnse gebeden. Het handschrift is op perkament geschreven, telt 96 folio’s en meet 101 x 136 mm. Het boekje heeft ook zes miniaturen. Op folio 95v staat het eigendomsmerk als volgt: “Dit bouxken behoort toe het clooster van Nonnenbussche binnen Ipre van d’oorden van Sint Benedictus. Bidt voor J. Marie Fourmanoir”. De opdrachtgevers zijn het echtpaar Michiel de Corte en Katelijne Ymmeloot uit de Ieperse burgerij. Kloosterzuster Maria Fourmanoir van de Nonnebossenabdij, was de dochter van Pieter Fourmanoir en Margriet de Corte en dus kleindochter van Michiel.