Bij wegenis- en rioleringswerken kiest Zonnebeke steevast voor een gescheiden rioleringsstelsel. Sinds de werken in Zandvoorde en de Frezenberg is nu zo’n 63% van alle huizen in de gemeente aangesloten, een stijging van zo’n 4% tegenover vijf jaar geleden. De gescheiden riolering scheidt het afvalwater van het regenwater, waardoor het heldere regenwater terugvloeit in de grond of stroomt naar een nabijgelegen gracht of waterloop. Dit gebeurde vorig jaar bijvoorbeeld in de Frezenberg. Daar werd de riolering gescheiden en warden meteen ook de grachten verbreed zodat ze het regenwater konden opvangen en traag afvoeren. De komende zes jaren staan er nog rioleringswerken gepland in de Frezenbergstraat-Noord, Nonnebossenstraat, Elleboogstraat, de volledige Molenaarelsthoek (Beselarestraat, Spilstraat, Berten Pilstraat, Plasstraat, Kruisbierboomstraat, Oude Wervikstraat) en de Tyne Cot hoek (Passendalestraat, Tynecotstraat, Schipstraat, Albertstraat), zodat de 63% stijgt naar 70%.
Waar er nog geen riolen zijn, of waar ze niet op korte termijn aangelegd kunnen worden, ondersteunt de gemeente, via een samenwerking met Riopact, de bewoners bij het aanleggen van een IBA, een Individuele Behandelingsinstallatie voor Afvalwater.