In de tweede helft van de 16e eeuw werden de Zuidelijke Nederlanden het toneel van een alles verwoestende tweestrijd tussen de Rooms-katholieke kerk en de ketterij van het Protestantisme. De Ieperse regio had nog het meest te lijden van de aanhangers van Calvijn die vanuit de Noordelijke Nederlanden naar onze streek kwamen afgezakt. De Calvinisten stelden zich niet tevreden met het prediken van hun nieuwe leer maar zij beweerden dat hun godsdienst bestemd was om op het puin van de Roomse kerk ingericht te worden en boven de landbesturen moest staan. Het was daarbij toegelaten dit op te eisen met de wapens.
De Calvinisten werkten samen met prins Willem van Oranje tegen de Spaanse bezetter en gezien hun nieuwe leer streng vervolgd werd, kende hun agressie weldra geen grenzen meer. Hun predikanten verschenen in onze streek rond 1566. Ze ruiden het volk op, ze verkochten ketterse boeken en gaven bier en eten aan hun toehoorders. Ze wisten de armoedige toestand waarin de lagere bevolking zich bevond uit te buiten en een verbetering van hun situatie voor te spiegelen als ze zich zouden bekeren tot de nieuwe religie. Ze kwamen ook prediken te Zonnebeke, Passendale en Beselare. Een ware storm brak los.
Op 9 augustus 1566 stormde een volkse menigte van 3.000 man sterk, het grootste gespuis voorop, van uit Hondschote en Armentières naar onze streek, gewapend met stokken, hamers, breekijzers, ladders, bijlen, koorden en allerlei ander breekalaam. Zandvoordenaar Aernout Mersseman was één van de leidersfiguren. Hun mikpunt was de beeldenverering en de rijkdom van kerken en kloosters. Ze begonnen deze te plunderen te: Krombeke, Poperinge, Elverdinge, Vlamertinge, Reningelst, Sint-Jan, Brielen, Ieper, Geluwe, Menen, maar ook in de abdij van de Nonnebossen te Zonnebeke en de kerk van Beselare. Alle beelden werden stuk geslagen, kerkschatten werden gestolen, vensters en kerkmeubilair werden aan diggelen geklopt, schilderijen en priestergewaden gescheurd, kortom alles werd onteerd. Daarnaast werden mensen gevangen genomen, paarden, wagens en levensmiddelen in beslag genomen en men hield orgieën met wijn en bier uit de kelders van gegoede burgers.
Dit schrikkelijke tijdperk van godsdienstoorlogen en opstand tegen de Spanjaarden zou meer dan 30 jaar duren. Het leidde zelfs tot de ontvolking van onze streek. Zij die zich bekeerd hadden tot het protestantisme vluchtten naar Nederland en Engeland om te ontsnappen aan de ‘bloedraad’ van de hatelijke Spaanse landvoogd Alva. Anderen gingen ondergedoken leven en hielden zich op met baanstroperij. In vele dorpen zoals te Zandvoorde was geen mens meer te bespeuren, onkruid en wolven des te meer.
In 1580 was Roger de Roubaix pastoor te Beselare. Hij kwam dermate onder de indruk van de hartstochtelijke predikaties van de Calvinisten dat hij er onder bezweek. Hij zweerde het Rooms-katholiek geloof af en stapte over naar de nieuwe leer. Hij stichtte te Beselare de ‘kerke Cristi’ en sleurde met zijn woorden veel gelovigen mee in de dwaling. In juni 1581 verkocht hij een ciborie uit de kerk, die van de plundering van 1566 was gered, voor 20 pond evenals de laatste overgebleven klok voor 12 pond, dit alles om in zijn onderhoud te kunnen voorzien. Eind de maand augustus van 1581 werd pastoor de Roubaix echter opgepakt en in de gevangenis van Komen opgesloten. Hij werd vrij gekocht door een zekere Aert van Wyngaerden en naar Ieper gebracht in februari 1582. Hij bleef te Ieper in evangeliedienst van de Calvinistengemeenschap. Hij verzorgde er voornamelijk de pestlijders tot in maart 1583. Dan werd hij zelf door de pest geveld. Enkele maanden later is hij aan de ziekte overleden.
In 1584 kwam Alexander Farnese als nieuwe Spaanse landvoogd naar de Zuidelijke Nederlanden. Hij schafte de bloedraad af en stelde zich veel inschikkelijker op tegen de Calvinisten. Aan de meest overtuigde aanhangers gaf hij de kans hun goederen te verkopen en straffeloos het land te verlaten. Dit was het geval voor twee Beselaarse gezinnen die naar Engeland uitweken. De meeste afgedwaalden echter keerden naar het oud Rooms-katholieke geloof terug. Toch zou het nog vele jaren duren voor de streek en onze bevolking zich herstelde van de zware littekens.
