Zoals overal in Vlaanderen was ook de kerk van Geluveld voor alle eredienst verboden vanaf september 1797. Het was het resultaat van de Franse overheersing sinds 1 oktober 1795. De geestelijken mochten hun priesterkledij niet meer dragen, alle uiterlijke godsdienstige tekenen moesten verdwijnen zoals kapelletjes, kruisen en beelden langs de openbare weg, aan kerken, huizen en bomen, zelfs op kerkhoven. Alle gebedsdiensten, missen, dopen, begrafenissen of huwelijken moesten clandestien gebeuren. Maar o wee als de priester op heterdaad betrapt werd. Een verbanning naar het Franse eiland Oléron was niet zelden de opgelegde straf.
Onze bevolking had het zwaar te verduren onder die godsdiensthatende Fransen, hun opeisingen en zware oorlogsbelastingen, de invoering van waardeloze assignaten in plaats van munten en als klap op de vuurpijl de bloedwet: de verplichte legerdienst voor alle 20 tot 25-jarigen. Geen wonder dat de Boerenkrijg losbarste met nog meer ellende als gevolg.
Op het ogenblik van de sluiting der kerken was Lodewijk Lanneau sinds drie jaar pastoor te Geluveld. Voordien was hij 10 jaar onderpastoor te Moorsele en acht jaar in zijn geboortedorp Avelgem. Tijdens de Beloken Tijd (de kerkvervolging door de Fransen) hield hij zich schuil bij vrienden te Moorsele. Toch werd hij gevangen genomen. Hij stond klaar om in ballingschap afgevoerd te worden toen hij er in slaagde zich uit de handen van de vijand te bevrijden door omkoping met 30 kronen.
Gelukkig braken betere tijden aan vanaf 1800 met het bewind van Napoleon Bonaparte. De kerkelijke eredienst werd opnieuw gedoogd en via het Concordaat met de Heilige Stoel van 15 juli 1801 zelfs in ere hersteld. De kerken werden heropend en de priesters mochten naar hun parochies terugkeren op voorwaarde dat de kerk de voogdij van de Franse Staat aanvaardde.
In de lente van 1801 werd Lodewijk-Bernard Comyn, afkomstig van Langemark de nieuwe pastoor van Geluveld. Ook hij werd als onderpastoor in november 1798 te Vlamertinge gevangen genomen en naar het eiland Oléron verbannen. Precies twee jaar later keerde hij terug naar Vlamertinge. Als gevolg van het Concordaat werden de bisdommen Ieper en Brugge afgeschaft en Geluveld behoorde vanaf juli 1801 tot het bisdom Gent. In januari 1803 verliet pastoor Comyn Geluveld.
Hij werd opgevolgd door Fransiscus Jacobus Vermeulen op 9 februari 1803. Voordien was hij onderpastoor in zijn geboortestad Kortrijk en te Bellegem. Daar werd hij door de Fransen opgepakt en naar Oléron gedeporteerd. Na enkele maanden apostolaat te Geluveld werd hij als pastoor aangesteld te Pollinkhove.
De nieuwe parochieherder van Geluveld wordt Joannes Baptiste Valcke, een Menenaar. Reeds op 1 april 1803 is een acte uit de parochieregisters door hem ondertekend. Voordien was Joannes Baptiste Valcke onderpastoor te Desselgem en balling op het eiland Oléron. Nog hetzelfde jaar wordt hij als pastoor benoemd te Loker.
En dan komt op 14 oktober… opnieuw pastoor Lodewijk Bernard Comyn. Hij werd zeer geestdriftig onthaald maar de euforie was nog maar net weggeëbd of er kwam in oktober 1804 een ernstig onderzoek van de Gentse bisschop Etienne Fallot de Beaumont in verband met het voortbestaan van de Sint Margarthaparochie. Pastoor Comyn wist op zo’n overtuigende manier op de hem gestelde vragen te antwoorden dat de afschaffing van de parochie in de doofpot raakte.
Maar nog waren de problemen niet van de baan. Op 8 januari 1806 sloeg de bliksem in op de kerk. Zij ging volledig in de vlammen op. Weer was er sprake van afschaffing en verdeling van de parochianen onder vier naburige kerken maar een snelle, accurate en goedkope heropbouw, financieel gesteund door kasteelheer Louis Bruno Keingiaert de Gheluvelt wendde de dreiging af. Op 11 november 1806 werd de kerk al opnieuw ingezegend.
Op 16 november 1811 werd de doortastende pastoor Lodewijk Comyn aangesteld als pastoor te Passendale. Daar was ook heel wat puin te ruimen want het Stevenisme, een scheuring in de kerk ten gevolge van het Concordaat van 1801, had te Passendale de godsdienstbeleving danig in de war gestuurd. Zijn wedervaren te Passendale betekent evenwel een ander verhaal.
