De 17e eeuw kan beschouwd worden als de gouden eeuw van de Augustijnenabdij van Zonnebeke. Volledig aan de grond, zowel moreel als materieel op het einde van de 16e eeuw door de Beeldenstorm en haar gevolgen, werd door het krachtdadige beleid van abt Carolus de Boissot (van 1608 tot 1637), de abdij en de abdijkerk heropgebouwd. Van de kerk werd enkel het koorgedeelte (voor de paters) in volle pracht herbouwd, de nieuwe achterkerk (voor de parochianen) en de toren waren van een veel bescheidener niveau. Hiervoor legde de abt gedurende vele jaren een speciale belasting op het kappen van talie (brandhout) door zijn pachters in de winter op de abdijeigendommen. Daarenboven werd langzaam aan gebouwd in functie van de beschikbare geldmiddelen. Ongeveer 25 jaar is verlopen voor de volledige heropbouw van de kerk.
De oprichting door abt Carolus de Boissot van de Aartsbroederschap van de Allerheiligste Rozenkrans in 1633 was het keerpunt in de materiële en financiële toestand van de abdij en haar kerk. In de aanvangsfase financierde de Aartsbroederschap voor de kerk een groot aantal kerkmeubelen en instrumentaria of ze leende er het geld voor. De Aartsbroederschap telde zeer veel rijken onder haar leden, overal uit Vlaanderen, vooral uit adellijke kringen (ook de abt was van voorname afkomst) en werd aldus zeer welvarend. Dit kwam de abdij ten goede. Zij beleefde een hoogconjunctuur die zelfs leidde tot de aankoop van de wereldlijke heerlijkheid van Rolleghem te Zonnebeke in 1698.
De periode van welvaart duurde voort in de 18e eeuw en in 1757 kreeg abt Joannes-Baptiste de Vos van de paus van Rome zelfs het voorrecht om mijter, ring en staf te mogen dragen. De abt vond de kerk nu ongeschikt om aan de nieuwe toestand de vereiste luister te verlenen. Hij wilde voor de pontificale diensten een grotere tempel en in 1769 werd een nieuw monnikenkoor gebouwd, voorzien van een prachtig marmeren hoogaltaar. In 1787 werden plannen gesmeed om de armtierige achterkerk (ook Sint-Michielskapel genoemd) te verbouwen. Het overlijden van abt Hubertus Nuitten in 1790 en de Franse dreiging hebben de plannen verhinderd. Inderdaad, zes jaar later werden alle kloosters door de Franse bezetter afgeschaft en hun bezittingen werden geconfisceerd en openbaar verkocht. Terug naar af.
Vanaf 1802 was de abdijkerk nog alleen parochiekerk. De bevolking nam fel toe in de 19e eeuw maar wegens de precaire financiële toestand was het toch wachten tot rond 1865 tot eindelijk pastoor E.H. Richard Bossaert de uitdaging durfde aan te gaan voor een nieuwe achterkerk en toren. Daartoe verkocht hij noodgedwongen enkele percelen grond van de kerkfabriek en een deel van het kerkmeubilair. Het prachtige orgel uit 1680 van de befaamde orgelbouwer Jan van Belle verkocht hij aan de Sint-Martinuskerk van Desselgem.
De eiken communiebank van de voormalige abdijkerk werd verkocht aan de Sint-Mattheuskerk van Gijzelbrechtegem voor 500 goudfrank. Hij bestaat uit negen panelen die door kleine pilasters van elkaar gescheiden zijn. Hij is 13,20 m lang en 92 cm hoog. De panelen hebben in het midden een rond medaillon van 38 cm doorsnede. Hierin worden negen symbolen en allegorieën die met de Eucharistie in verband staan, afgebeeld. De medaillons worden omgeven door ranken, grashalmen en druiventrossen. Deze versiering is zeer kunstig gesculpteerd. De middelste vijf panelen zijn bijna dubbel zo breed als de vier buitenste. Het middenpaneel bestaat uit twee delen die opendraaien om de weg naar het hoofdaltaar vrij te maken. De communiebank werd in 1672 gemaakt en aan de abdijkerk geleverd door Guilielmus van Gheluwe. De Aartsbroederschap van het Allerheiligste hielp die communiebank toen betalen, zijnde ‘vyf ponden groote en vier ghuldens’.
De nieuwe achterkerk en toren kwamen er in 1871 onder leiding van architect Pierre-Nicolas Croquison. De kerk werd zo 69 m lang, 12 m breed met een achthoekige toren van 69 m hoog. Ruim 40 jaar later werd alles opnieuw verwoest. Na het voorbijrazen van de Eerste Wereldoorlog moeten wij de verkoop van die waardevolle kerkmeubelen niet meer betreuren. Zo bleven er immers nog een paar overblijfselen van het oude kerkinterieur bewaard. Het orgel te Desselgem is zelfs, na de brand van de kerk te Oostvleteren, het oudste instrument van een Ieperse orgelbouwer dat in België nog te vinden is.
